Александр Афанасьев родился в 1826 году в городе Богучар Воронежской губернии. Его детство прошло в Боброве, где его отец работал уездным стряпчим. Александр получил домашнее образование, а затем с отличием окончил Воронежскую гимназию и поступил на юридический факультет Московского университета.
В университете Афанасьев начал сотрудничать с литературными журналами "Современник" и "Отечественные записки", где публиковал свои первые литературоведческие статьи. Однако его лекция об уголовном праве в XVI-XVII веках была сочтена слишком либеральной, и ему было отказано в дальнейшем научном сотрудничестве в университете.
Не найдя места учителя законоведения, Афанасьев преподавал русскую историю и словесность в московском пансионе Эннеса. Параллельно он работал в Московском главном архиве Министерства иностранных дел, где занимался изучением старинных рукописей и книг, приобретенных им на рынке у Сухаревской башни.
В различных журналах Афанасьев опубликовал множество статей по истории русской культуры и мифологии славян. Он также был редактором журнала "Библиографические записки", где публиковал работы о русской литературе XVIII века.